Алтарь, состоящий из трёх полукруглых апсид, примыкает к храму с востока. С южной стороны устроен тёплый каменный придел, построенный в 1735 году, во имя святителя Алексия, митрополита Московского и всея Руси, чудотворца, взамен ветхого деревянного. С запада же пристроена шатровая колокольня, основание которой является папертью, и сторожка. На колокольне шесть колоколов. В холодном храме главным является престол Благовещения Пресвятой Богородицы, в теплом приделе – чудотворца Алексия, митрополита Московского. Благовещенский храм, как и само село, до 1764 года принадлежал Ярославскому Спасскому монастырю.
Особо чтимой иконой в Благовещенской церкви являлась чудотворная Донская икона Божией Матери, с изображением вокруг неё Богородичного акафиста, 1771 г. В 1830 году, в благодарность за избавлениеот эпидемии холеры, на святой образ сооружена была «благоукрашенная» жемчужная риза с дорогими каменьями.
Одна из главных Святынь храма – серебряный вызолоченный крест с хранящимися в нём боле 40 частицами мощей Божиих угодников и других священных предметов. Крест этот принадлежал прямому потомку святителя Алексия, Митрополита Московского – дворянину Н. А. Жеребцову, а затем был принесен в дар церкви. Приход Благовещенской церкви составляли жители села Ново-Благовещенского, Ямской слободы, Борисоглебска, а также нескольких деревень. В 1874 году в приходе Благовещенской церкви была открыта «общественная начальная городская школа». В ней обучались как мальчики, так и девочки. В октябре 1914 года открыли еще одну школу, смешанную, первую на Борисоглебской стороне. Церковная библиотека насчитывала 50 томов книг.
При Советской власти Благовещенская церковь была разграблена одной из первых.
Официальная дата закрытия – 21 ноября 1929 года. Уже весной 1931 года она являлась клубом им. Сталина. Ценности реквизировали, иконы частью передали в Воскресенский собор (среди них чудотворная Донская икона Божией Матери, икона Благовещения Пресвятой Богородицы и образ святителя Алексия) , частью уничтожили, колокола сбросили, паству разогнали. Звонница и придел разрушены и разобраны на кирпич, остался лишь храм-четверик. Затем в здании церкви устроили пекарню, которая работала до большого пожара 1949 года, когда взорвались бочки с маслом на складе, и церковь серьёзно пострадала. Стены пытались разбирать на кирпичи, но крепость кладки сделать этого не позволила. Однако вид у церкви в течении нескольких десятков лет был удручающим.
В 70-е и 80-е годы, Благовещенский храм пытались начать реставрировать, но безуспешно.
В середине 90-х годов храм был передан Ярославской Епархии и в нём начались восстановительные работы. В 2000 году в храме был зарегистрирован приход и сооружён временный алтарь. В престольный праздник святителя Алексия (25 февраля 2001 года) состоялась первая Литургия. С тех пор в церкви на постоянной основе совершаются воскресные и праздничные богослужения.
К сегодняшнему дню в храме проведено много работ, по периметру восстановлен ряд кокошников, покрыта крыша, воссоздан главный купола храма. Ежегодно на праздник Донской иконы Божией Матери 1 сентября древнюю святыню – Донскую икону Божией Матери, хранящуюся ныне в Воскресенском соборе, с Крестным ходом носят в Благовещенский храм, где она присутствует во время Божественной Литургии, а затем возвращают в Собор, до лучших времен Благовещенского храма.